纯电车电池自燃保险是否赔偿视情况而定，具体如下：
保险赔偿情况
- 在质保期内：若纯电车在质保期内由于电池短路等质量问题导致自燃，厂家通常会全额赔付。若车主也购买了车损险等相关保险，也可选择走保险理赔流程，有时可同时进行。
- 不在质保期内：若购买了车损险及自燃险，且车辆自燃并非由车主违规行为等导致，保险公司会进行赔偿。比如车辆在正常使用和保养的情况下，因电池自然老化、电池系统设计缺陷等非人为因素导致的自燃，属于车损险和自燃险的保障范围。
保险拒赔情况
- 部分损失情况：如果自燃仅造成电器、电路等部分损失，没有造成车辆整体的严重损坏或全损，保险公司可能拒赔。
- 改装违规情况：车主擅自改装、加装电器设备等导致车辆发生自燃，保险公司一般不会赔偿，因为改装可能会改变车辆的原有电路结构等，增加自燃风险，且不在保险合同约定的正常使用范围之内。
- 操作违规情况：违反车辆安全操作规程引发的自燃，如在不适合的环境或条件下给车辆充电导致电池过热自燃，或未按车辆使用手册要求进行保养维护等，保险公司可能拒赔。
- 未采取施救措施：车辆自燃时，若车主没有采取合理的施救措施，保险公司进行现场鉴定时未发现救援痕迹，可能会怀疑事故中有人纵容火情，进而影响理赔。
- 特殊免责情况：如果车内放置了易燃易爆物品，如打火机、高压密封气罐等，这些物品在车内自燃爆炸引起车辆自燃，保险公司一般不赔。