日本电车暂停的原因有很多，主要包括以下几类：
设备故障
- 车辆自身故障：如电车的导电弓架出现故障，像JR总武快速线曾因电车3个导电弓架全部故障，导致相关线路84趟电车停运。还有车门无法打开或关闭、空调设备故障、车辆异常晃动等问题，若短时间内无法修复，都可能导致电车暂停。
- 供电系统故障：输电电缆龟裂、电车线垂落等供电系统问题会使电车失去动力来源。如JR山手线曾因变电所附近输电电缆龟裂，导致变电所自动停止供电，全线停驶约4个多小时。
- 信号系统故障：信号系统对于电车的正常运行至关重要。当信号系统出现故障，如信号灯意外变红、信号传输中断等，电车会根据故障信号停车，以确保运行安全。
人为因素
- 乘客突发状况：车厢内乘客之间的争执、乘客突然急病、乘客呕吐、发现可疑物品或人物、发生痴汉行为等，可能导致车内检查，影响电车正常运行。
- 人员侵入轨道：有人不法侵入路轨，如痴汉逃跑、想自杀进入路轨内、有人从月台坠落、脚被列车与月台空隙夹着等情况，为确保安全，电车会暂停直到确认路轨安全。
- 操作失误：工作人员在调度、驾驶、检修等环节出现操作失误，也可能引发电车故障或运行冲突，从而导致暂停。
轨道问题
- 轨道损坏：长期使用、自然磨损、天气因素或施工不当等可能导致轨道损坏、变形或出现裂缝。如长崎的电车曾因轨道磨损，40米的轨道需要更换，导致部分线路暂停服务。
- 异物影响：轨道上出现异物，如掉落的树枝、石块、垃圾等，可能会影响电车的行驶安全，导致电车暂停，等待清理异物。
自然灾害
- 地震：日本处于地震多发地带，地震可能会破坏铁路轨道、桥梁、信号系统等设施，还可能引发山体滑坡等次生灾害，阻塞铁路线路，为保障乘客安全，电车会暂停运行。
- 台风、暴雨：强风可能刮倒树木、广告牌等，砸到电车或轨道上，暴雨会造成路面积水、山体滑坡等问题，影响电车运行。如遇到台风，铁路公司可能会提前宣布计划性停止运行。
- 大雪：大雪会覆盖轨道，影响电车的车轮与轨道的接触，还可能导致道岔冻结等问题，使电车无法正常行驶，铁路公司可能会因此暂停部分线路。
其他因素
- 公共卫生事件：如在新冠疫情期间，为了控制疫情传播，减少人员流动和聚集，日本的一些电车线路减少了运营班次，甚至部分线路暂停运营。
- 零部件采购困难：对于一些老旧的电车线路或特殊型号的电车，可能会面临零部件采购困难的问题。当关键零部件无法及时更换，电车可能因无法维修而暂停运行。