农电车队的管理部门在不同地区、不同管理体制下可能有所不同，一般来说有以下几种情况：
- 归属于供电公司的营销部或农电管理部门：在国家电网或南方电网体系内，县级供电公司等通常会有专门的营销部或农电管理部门来管理农电相关业务，农电车队也在其管理范畴内。比如国网无棣县供电公司，其副总经理王静负责营销、农电管理等工作，旗下的供电所等部门开展具体业务，农电车队会配合这些部门进行电力设备运输、抢修人员输送等工作。
- 由农电服务公司的综合管理部门负责：像辽宁各地市的农村电力服务有限公司等农电服务类企业，一般会设有综合管理部门来统筹协调包括车队管理在内的各项后勤保障工作。这些农电服务公司主要从事当地乡镇营配业务，农电车队是保障业务顺利开展的重要部分。
- 受地方电力局的运维检修部门管理：在一些地方电力局管理的区域，运维检修部门承担着电网设备维护等重要职责，农电车队可能会归其管理，以便在电网设备检修、故障抢修等工作中提供运输支持。