日本电车在某些方面确实存在一些乱象，但不能以偏概全地说整体都乱，具体情况如下：
性骚扰问题突出
- 数据显示问题严重：2024年日本内阁府的调查显示，受访者中有13.6%的女性和3.6%的男性曾有遭受“电车色狼”侵犯的经历，每十个人中就有一个人有此遭遇，且遭遇“电车色狼”行为的地点以“电车内”占62.8%为最。
- 骚扰形式多样：除了传统的肢体接触性骚扰，还出现了“隔空骚扰”，如在电车中紧盯其他乘客，朝对方吹气、嗅闻味道，使用手机的档案共享功能传不雅照片给陌生人等。
- 难根治的原因：日本社会存在性别不平等，女性遇骚扰难获及时帮助，且受害者怕影响名誉多选择沉默，助长了不法行为。法律虽有相关规定，但执法力度和效果不足，公众对性骚扰问题严重性认识不够，往往选择旁观。
其他治安问题
- 虱患问题影响乘车体验：2024年日本境内爆发虱患，不少民众目击地铁及电车座位上有床虱乱爬，许多网民在社交平台分享电车坐垫上、地上有床虱的照片，导致部分民众表示不敢乘坐列车。
- 存在其他犯罪行为：曾有日媒记者在JR埼京线调查发现，有男扮女装的人趁机伸手触碰周围男性的下半身。还有痴汉会网络联络同伙，数人一起围住女性，实施扒下受害者的内裤或把手伸进衣服等可怕行为。
相对有序的方面
- 运行效率与服务规范：日本的电车在运行时间上通常非常准时，车次密集，能高效地将乘客运送到目的地。工作人员服务也较为规范，在引导乘客乘车、维持站台秩序等方面有一定的流程和标准。
- 大部分乘客文明守序：绝大多数日本乘客在电车上都能遵守公共秩序，比如安静乘车、不饮食、主动给有需要的人让座等，在没有上述不良行为干扰的情况下，电车车厢内一般是比较安静、有序的。