日本早上坐电车一般来说是安全的，但也存在一些特定的安全问题需要注意，以下是具体情况：
治安方面
- 总体治安良好：日本整体治安状况较好，在电车上发生盗窃、抢劫等严重犯罪行为的概率相对较低。有不少人会在电车上打瞌睡，甚至把手机放在腿上或包包没关上，这种情况如果在治安不好的地方很容易发生盗窃事件，但在日本却相对少见，一定程度上体现了其治安状况不错。
- 痴汉问题：“电车痴汉”问题在日本较为突出，如“JR埼京线”等线路，即使有加设女性专用车厢与监视器等措施，仍有痴汉在早上通勤时间犯案，包括非礼女乘客甚至试图脱掉受害女子内裤等行为，这对女性乘客的安全构成了一定威胁。
拥挤方面
- 高峰时段极度拥挤：早上7-9点是日本的通勤高峰时段，在东京、大阪等大城市，电车会非常拥挤，乘客可能会被挤压、推搡，行动不便，存在被挤倒受伤的风险。如果带着大件行李或行动不便，会更加困难。
- 上下车需注意：由于车厢内拥挤，下车时如果不提前做好准备、大声告知周围乘客，可能很难顺利挤到车门口下车，车门关闭时还可能有被夹到的危险。
其他方面
- 遵守规则很重要：日本电车有其特定的规则和礼仪，如果不遵守，可能会引起他人不满或导致一些小麻烦，比如不排队、在车厢内大声喧哗打电话等。另外，如果不了解电车的停车站、换乘等信息，可能会坐错车或耽误行程。
- 注意个人物品摆放：在拥挤的电车上，背包最好背在身前或放在行李架上，避免背在身后碰到他人引起误会或导致物品丢失。