氢能源电车存在成本、技术、基础设施、安全等多方面的缺点，具体如下：
- 成本高昂
- 车辆制造成本高：氢燃料电池技术尚未成熟，导致燃料电池价格昂贵。例如一个50千瓦的燃料电池成本高达100万人民币，而同等输出功率的汽油机仅需几万元。
- 使用成本高：制氢过程能耗大，如50度电才能制取1公斤氢气，而这1公斤氢气反过来只能发20度电。加氢成本也较高，目前约30人民币/千克，且行业内缺乏大规模投资布局加氢站的企业，日常加氢的时间和经济成本都很高。
- 技术难题有待突破
- 能量转化效率低：若用电解水制氢，再将氢气用于车辆发电，整个过程能量损失大，单独驾驶的能耗可能不如纯电动或插电式混合动力经济环保。
- 续航不稳定：理论上加满氢气的车辆续航可达300公里，但实际使用中往往只有170-200公里，与理论值存在较大差距。
- 占用空间大：氢气密度小，要达到与电动汽车类似的续航，储氢空间占用大，约为同等续航电池包的5-6倍，还需额外的安全层和压力调节系统，进一步增加了体积和重量，压缩了车内乘坐和储物空间。
- 基础设施建设滞后
- 加氢站数量少：加氢站建设成本高，且分布不均匀，即使在美国加利福尼亚州，也存在加氢站无法工作或处于维修关闭状态的情况，导致车主用车困难。
- 建设难度大：加氢站占地面积大，在城市中选址困难，并且需要大量的土地和资金投入，建设周期长，推广阻力大。
- 安全性存在隐患
- 氢气性质活泼：氢气易燃易爆，在空气中的爆炸极限为4.0%～75.6%（体积），无论是转运、储存还是使用过程中，都存在一定的危险性，对技术和设备的要求极高。
- 安全系统复杂：为确保安全，氢能源电车需要配备复杂的安全系统，增加了车辆的设计和制造成本，也可能会影响车辆的可靠性和维护成本。