日本电车收费主要有以下原因：
- 运营成本：
- 基础设施建设与维护：日本的铁路网络庞大且复杂，包括铁轨、车站、信号系统等设施。建设新的线路和站点需要巨额的资金投入，例如东京的地铁网络不断扩展，新线路的挖掘、轨道铺设等都需要大量资金。同时，日常的设施维护也至关重要，如铁轨的定期检查与更换、车站建筑的修缮、信号系统的升级等，都需要持续的资金支持。
- 车辆购置与更新：电车车辆本身价格昂贵，而且随着技术的发展和使用年限的增加，需要不断购置新车辆和对旧车辆进行更新改造。像JR东日本等铁路公司，为了提高运行效率和乘客的舒适度，会定期引入新型电车，这都增加了运营成本，需要通过收费来弥补。
- 人力成本：电车的运营需要大量的工作人员，包括司机、售票员、检票员、维修人员、管理人员等。日本的劳动力成本较高，支付这些员工的工资、福利等费用是运营成本的重要组成部分。
- 企业盈利：在日本，许多电车运营公司是私营企业，以盈利为目的。即使是一些由政府参与管理的公司，也需要保持一定的盈利水平，以维持公司的正常运转和发展。通过收取车费，公司可以获得收入，用于支付运营成本、偿还债务以及实现盈利，进而为股东创造利润，或为公司的进一步发展提供资金支持。例如，JR东日本等公司通过合理的票价制定和运营管理，实现了盈利，保证了公司的持续发展。
- 资源配置：收费可以作为一种调节手段，引导人们合理使用电车资源。通过制定不同的票价策略，如高峰时段票价较高、非高峰时段票价较低，可以鼓励乘客错峰出行，缓解高峰时段的运输压力，使电车资源得到更有效的配置。同时，对于不同距离的行程设置不同的票价，也能让乘客根据自己的出行需求和成本考虑，选择合适的出行方式和路线，避免不必要的短途出行占用过多的电车资源。
- 政府政策：政府在一定程度上会对电车收费进行监管和调控。一方面，政府可能会要求电车公司保持票价的相对稳定，以保障居民的基本出行需求和社会稳定；另一方面，政府也会根据经济发展情况、通货膨胀率等因素，允许电车公司在一定范围内调整票价。例如，当运营成本上升或政府有特定的政策目标时，会批准电车公司适当提高票价，以确保电车行业的可持续发展。此外，政府也可能通过补贴等方式，对电车运营进行一定的支持，但这并不意味着电车就可以免费运营，收费仍然是维持电车系统正常运转的重要资金来源。