日本电车主要按照以下方式收费：
- 按距离收费：这是最基本的收费方式，电车的票价根据乘坐的距离长短来计算。一般来说，距离越远，票价越高。例如，JR山手线的入场票价是130日元，随着距离的增加，票价也会相应增加。车站内通常会有明码标价的乘车票价表，方便乘客查看。
- 根据列车等级收费：对于特急、急行等优等列车，除了收取根据旅行里程计算的运赁（乘车券）外，还需要收取根据列车等级和服务水准计算的料金（特别急行券）。也就是说，乘坐特急等优等列车需要支付两部分费用。不过也有一些特例，如青春18套票在学生使用自由席的情况下不收特急料金，宫崎到宫崎空港间距离短，坐特急也不收料金。而快速列车一般不收料金，但如果选择坐指定席，则需要支付指定席费用。
- 按购票类型收费：
- 单程券、往返券和回数券：乘客可以根据自己的出行需求购买不同类型的车票。单程券适用于单次出行；往返券是往返行程的车票，通常会比单独购买两张单程券便宜一些；回数券则是在一定时间内可以多次使用的车票，适合短时间内多次往返的乘客，比每次单独购买单程券要划算。
- 月票：经常乘坐电车的乘客可以购买月票，一般分为1个月、3个月、半年等不同期限。购买的时间越长，月票价格越便宜。留学生还可以凭学生证购买“通学”的打折月票，以节省交通费用。
- 其他特殊票种：一些城市还推出有专门的单日区间票，当日在乘车区间内可以不限次数在任意车站上下车。此外，还有适用于日本铁路经过的所有路线的电车套票，分为绿色（37800日元/7天）、普通（28300日元/7天）两种，持有绿色套票者，乘特等车或船舱时不需另外付费，6-11岁儿童票为成人票价的一半。
此外，不同的电车运营公司可能在收费标准和方式上会有一些差异。例如，东京的JR东日本、东京Metro、都营地下铁等公司，以及其他城市的私营铁路公司，它们的票价体系和优惠政策可能不尽相同。