日本电车中途停车的原因主要有以下几类：
人为因素
- 车内问题：乘客之间发生争执、有乘客突然急病、乘客呕吐需要处理、发现可疑物品或人物、发生痴汉行为等，都可能导致电车中途停车。一般这类问题若能在到达车站后由职员协助解决，延迟时间约5-15分钟。
- 司机操作失误：司机疲劳驾驶、操作失误等情况可能致使电车开过站或出现其他异常，从而中途停车检查。如JR东日本公司高崎线的一辆电车，曾因司机犯困错过刹车时机，开过站150米后才停下，之后停在铁路上进行了约6分钟的安全检查。
- 不法侵入路轨：如痴汉逃跑走到路轨、有人想自杀进入路轨内、有人从月台坠落、脚被列车与月台空隙夹着等。由于需要确认路轨上完全无人才能重新开出，所以可能停车较长时间。
车辆设备故障
- 车门或空调故障：车门无法打开或关闭、空调设备故障或车辆出现其他异常情况，若只是确认状况且列车无大碍，一般约15分钟可解决；但如果需要完全停驶并更换列车，则可能需要约1个小时。
- 信号系统问题：电车依靠铁路上的信号灯行驶，若信号灯因电车刹车时产生的铁粉等物质或其他原因意外变红，电车就会停下来，直至确认信号灯正常，通常需要10-30分钟。
- 控制装置故障：如东京都心环线电车JR山手线的新型列车“E235系”曾在投入首日因控制刹车和车门开闭等的列车信息管理装置存在缺陷，导致刹车反应缓慢，中途停止运行。
外部环境因素
- 自然灾害：大风、大雨、大雪、地震等自然灾害会让电车停驶，且通常会延迟数小时，甚至一整天。若能预知台风或大雪，铁路公司可能会提前发布计划性停止运行通知。
- 停电问题：如连接东京都与千叶县的JR中央总武线，曾因水道桥站附近的铁轨旁进行桥梁改善工程产生火花，影响到输电电缆造成停电，致使西船桥站到三鹰站之间的电车停驶超过4小时。